Rune har jobbet med utbredelse av nasjonale e-helseløsninger siden 2008. Han var med på etableringen av automatisk frikort i NAV, etablering og innføring av kjernejournal, e-resept, nytt folkeregister i helsetjenesten, pasientens legemiddelliste, digitalt helsekort for gravide, pasientens prøvesvar, pasientens journaldokumenter m.fl. Han har vært avdelingsdirektør og programleder i Helsedirektoratet og Direktoratet for e-helse, og fungerer nå som avdelingsdirektør for arkitektur og samhandling i Helsedirektoratet.